三代：繼第二代之後，時間又過去了十幾年，此時G早已退休，只有工作狂Rogan還在鍥而不捨地追查神秘病毒的根源。造成死亡之屋恐怖事件的病毒莫名其妙地擴散到了全球，在世界各地引起了大規模的生化危機，人類首次面臨生死存亡的考驗，而敵人竟然是自己死去的同類。Rogan意識到,Dr.Curien的瘋狂行為造成的影響還遠未結束，他一定留下了什麼人或者什麼東西來繼承他的「事業」。而在一次調查EFI化工廠的行動中，事實證明了他的想法。他和幾名突擊隊員冒著大群殭屍的圍攻，衝進不死生物們竭力保護著的工廠深處，隊友們相繼戰死，只剩下他和一名叫Dan Taylor的隊員還在奮力前進。不過，他們終於找到了一直在找的東西，Curien博士最後的遺物。Rogan看著眼前這美麗而又可怕的景象，正要採取行動，卻聽見後面傳來了Dan Taylor的慘叫，回頭一看，Taylor已經被打倒在地上。他的眼角餘光掃到了一個巨大的黑影，接著耳邊風聲一響，他也被打得飛了起來，重重地砸在牆上。他最後看到的是旁邊還站了個什麼人，那人穿的是深色的褲子，接著世界就是一片黑暗。 Thomas Rogan失蹤兩周後，一輛吉普車開到了EFI門口，下來兩個人，分別是Rogan勇敢的女兒Lisa Rogan和雖老猶帥的前AMS英雄特工－－－－G。與父親失去聯繫之後，Lisa非常擔心，於是邀上Thomas的好友和老搭檔G，全副武裝地來到父親的失蹤地點搜尋。面對成群的不死怪物，經驗豐富的G毫無懼色，Lisa卻很震驚。在用霰彈槍轟倒大片的殭屍後，她驚呼:「我簡直不敢相信我能夠做這種事！」接下來他們當然又遇到了Boss們的重重阻攔，有曾經打傷過Rogan的死亡警衛，蕩來蕩去的傻瓜樹懶，變態的殺人太陽花。。。在兩人的槍口下被一一掃平（戰鬥過程略，大家都玩過，不想寫成小說）。一路上，G告訴了Lisa九八年Curien官邸事件的經過，以及他和Rogan一起執行任務的經歷，使Lisa發現自己以前對父親的偏見有失公正。 二人一邊Rogan在一起的還有其他人，兩人警惕地抬起槍管。Rogan連忙阻止他們，並告訴他們這個戴眼鏡的年輕人就是Roy Curien的兒子，Daniel Curien。從Daniel那裡他們得知，Curien博士所做的一切，最初都是為了拯救Daniel的生命。Daniel患有不治之症，為了使他生存下去，Curien博士瘋狂地組織試驗，企圖研製出可以克服死亡的藥方。他成功了，但他的試驗背離了人類的道德標準，為他工作的人漸漸都離他而去。Curien博士眾叛親離，憤怒之下他完成了兩大「傑作」，「魔術師」和「命運之輪」，希望靠它們來報復人類社會。在Curien官邸事件中，Curien博士死於他親手創造的魔術師之手，而「命運之輪」得以保存下來，不為人所知。康復後的Daniel看著命運之輪成長，不願讓父親的瘋狂再繼續下去，於是救下了Rogan，當G和Lisa到來後，又借過G的霰彈槍，與Lisa一起去摧毀命運之輪。不巧命運之輪剛巧生長完成，它破殼而出後居然以Curien的名義自居，看來Curien博士在設計它的時候加入了一些自己的思想。它聲稱要毀滅一切，然後再重塑一切，Daniel和Lisa當然不會聽之任之。隨著兩支霰彈槍的一陣爆響，命運之輪遍體鱗傷。在最後一刻，它居然還想以父親的身份來說服Daniel幫助自己，可惜Daniel毫不領情，兩人雙雙開槍將命運之輪炸成了碎片。 世界重又回復了安寧。G攙扶著Rogan走在星光下，慶幸自己這一代已經完成了使命，以後的事可以交給Lisa和Daniel一輩去完成了。兩個年輕人眼裡也燃著希望之光。 而在化工廠深處，有一個神秘人揀起了沒被G和Lisa發現的病毒試管。「看來他們還不知道它的真正用途，哈哈哈哈活活。。。」邪惡的笑聲迴盪在空曠的工廠裡。（這個結局比較少見，只打出過一次：） 其實共有4個結局劇情： 結局一（需要按照以下路線走並且打出低分）： 路線Entrance → L3 BIO Plant → Information System Dept. East Wing → EFI Genome Ward 神秘人出現，將一個裝有病毒的試管拿走。說：「看來他還不知道它的真正目的……。」 結局二（需要按照以下路線走並且打出低分）： 路線Entrance → EFI Genome Ward → L2 BIO Plant → Information System Dept. West Wing Daniel和Lisa走了出去，可是Daniel卻說了一些很奇怪的話。Lisa回頭，發現Daniel竟然已經屍變。Daniel撲了過來，Lisa一聲尖叫…… 結局三（需要按照以下路線走並且打出低分）： 路線Entrance → EFI Genome Ward → Information System Dept. West Wing → L2 BIO Plant Lisa的車突然開動，Lisa以為是父親，卻發現父親和G正站在背後。原來是一隻喪屍將Lisa的車開走。Lisa在後面一邊追一邊罵。 結局四（普通結局，無須打出低分）： Daniel和Lisa離開了這裡，Daniel向這個工廠和父親告別，並立志造福人類。
